L'origine del capoeira e del suo nome non è del tutto certa e priva di polemiche. Molteplici sono le definizioni riguardo alla parola capoeira e alle sue varianti: caà-puêra in lingua tupi indica la boscaglia (caà) che finì di esistere (puêra); co-puêra, sempre in lingua tupi, significa campagna abbandonata (l'incontro di razze e le problematiche linguistiche hanno dato luogo a trasformazioni, ad esempio modificando la o in a).
Oggi per capoeira, al femminile s'intende foresta vergine che si abbatte per ricavarne legna o terreno coltivabile; capoeirão, maschile accrescitivo, significa folta boscaglia. Capuão, maschile, in lingua tupi, indica un boschetto; capoeira sempre al femminile vuol dire pollaio e capão ladro di galline; capoeira in Brasile è anche un uccello (odontophorus capoeira). Capoeira al maschile vuol dire malvivente, e capoeiragem al femminile è una lotta libera praticata dalla malavita brasiliana.
Alcuni studiosi, tra cui Brasil Gerson, affermano che l'accezione capoeira designa un particolare tipo di cesto, usato per il trasporto delle galline, che venivano portate al mercato dagli schiavi; Gerson propose che il gioco del capoeira fosse nato dal passatempo degli schiavi al mercato.
Condividendo questa teoria, il linguista brasiliano Antenor Nascentes scrive che gli schiavi che portavano capoeiras di polli da vendere al mercato, mentre aspettavano l'apertura del mercato, si distraevano facendo il gioco del capoeira; come una metonimia res pro persona, il nome della cosa era passato alla persona in relazione ad essa.
Per alcuni il termine capoeira compare negli scritti storici relativi alla guerra contro Palmares, nei diari dei capi spedizione incaricati di catturare e riportare indietro i neri fuggitivi.
A parte la discussione sull'origine del termine si ha concretamente il gioco del capoeira come definizione unica e universale; nel linguaggio comune è certo che "capoeira" è un termine che indica un tipo di danza-lotta.